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Because of continuing research, the structure of the Y-DNA Haplogroup Tree changes and ISOGG does its best to keep the tree updated with the latest developments in the field. The viewer may observe other versions of the tree on the Web. Email Ray Banks if the differences need clarification or if you find any broken links on this page.
|FONT COLORS: Newly confirmed in 2016 within subclade Confirmed within subclade Investigational items|
^ Indicates a next-generation sequencing
entry which does not yet meet quality guidelines for minimum number of
^^ Indicates an entry which does not meet quality guidelines but may be helpful.
~ Indicates only an approximate location on the tree.
The criteria for a representative SNP printed in bold for a subclade is: traditional usage, testing one in multiple labs, and/or being found in the area of the chromosome used in recent research studies.
SNPs listed below in italics (colored black or red) are quality variants from next-generation sequencing reports consistently showing as representing that subgroup.
Contact Person for Haplogroup S: Gareth Henson
• S1 B255
• • S1a Z41335, Z41336, Z41337, Z41338, Z41339, Z41340, Z41341
• • S1a~ P405
• • • S1a1 Z42413, Z42414, Z42415, Z42416, Z42417, Z42418. Z42419, Z42420
• • • • S1a1a Z41513, AM00651.2/Z33118.2, FGC17153.2/V3938.2/Z18210.2, FGC38729, M10072, Z41514, Z41515, Z41516, Z41517, Z41518, Z41519, Z41520, Z41521, Z41522, Z41523, Z41524, Z41525, Z41526, Z41527, Z41528. Z41529, Z41530, Z41531, Z41532, Z41533, Z41534, Z41535, Z41536, Z41537, Z41538, Z41539, Z41540, Z41541, Z41542, Z41543, Z41544, Z41545, Z41546, Z41547, Z41548, Z41549, Z41550, Z41551, Z41552, Z41553, Z41554, Z41555, Z41556, Z41557, Z41558, Z41559, Z41560, Z41561, Z41562, Z41563, Z41564, Z41565, Z41566, Z41567, Z41568, Z41569, Z41570, Z41571, Z41572, Z41573, Z41574, Z41575, Z41576, Z41577, Z41578, Z41579, Z41580, Z41581, Z41582, Z41583, Z41584, Z41585, Z41586, Z41587, Z41588, Z41589, Z41590, Z41591, Z41592, Z41593, Z41594, Z41595, Z41596, Z41597, Z41598, Z41599, Z41600, Z41601, Z41602, Z41603, Z41604, Z41605, Z41606, Z41607, Z41608, Z41609, Z41610, Z41611, Z41512, Z41613, Z41614, Z41615, Z41616, Z41617, Z41618, Z41619, Z41620, Z41621. Z41622, Z41623, Z41624, Z41625, Z41626
• • • • • S1a1a1 P308, Z41663, Z41664, Z41665, Z41666, Z41667, Z41668, Z41669, Z41670. Z41671, Z41672, Z41673, Z41674, Z41675, Z41676, Z41677, Z41678, Z41679, Z41680, Z41681, Z41682, Z41683, Z41684, Z41685, Z41686, Z41687, Z41688, Z41689, Z41690, Z41691, Z41692, Z41693, Z41694, Z41695, Z41696, Z41697, Z41698, Z41699, Z41700, Z41701. Z41702, Z41703, Z41704. Z41705, Z41706, Z41707, Z41708, Z41709, Z41710, Z41711, Z41712, Z41713, Z41714, Z41715, Z41716, Z41717, Z41718, Z41719, Z41720, Z41721, Z41722, Z41723, Z41724, Z41725, Z41726, Z41727, Z41728, Z41729, Z41730, Z41731, Z41732, Z41733, Z41734, Z41735, Z41736, Z41737, Z41738, Z41739, Z41740, Z41741, Z41742, Z41743, Z41744, Z41745, Z41746, Z41747
• • • • • S1a1a1~ P60
• • • • • • S1a1a1a~ Z41753, Z41754, Z41755, Z41756, Z41757
• • • • • • S1a1a1b~ Z41758, Z41759, Z41760, Z41761, Z41762
• • • • • S1a1a2~ Z42470
• • • • S1a1b M230, P202
• • • • • S1a1b1 M254
• • • • • • S1a1b1a P57
• • • • • • S1a1b1b P61
• • • • • • S1a1b1c P83
• • • • • • S1a1b1d SK1891, BY3295, SK1892, SK1893, SK1894, SK1895, SK1896, SK1898, SK1899, SK1901, Z33752, Z33753, Z41356, Z41357, Z41358, Z41359, Z41360, Z41361, Z41362, Z41363, Z41364, Z41365, Z41366, Z41367, Z41368, Z41369, Z41370, Z41371, Z41372, Z41373, Z41374, Z41375, Z41376, Z41377, Z41378. Z41379, Z41380, Z41381, Z41382, Z41383, Z41384, Z41384, Z41385, Z41386, Z41387, Z41388, Z41390, Z41391, Z41392, Z41393, Z41394, Z41395, Z41396, Z41397, Z41398, Z41399, Z41400, Z41401, Z41402, Z41403, Z41404, Z41410, Z41411, Z41412, Z41413, Z41414, Z41415, Z41416, Z41417, Z41418, Z41419, Z41420, Z41421, Z41422, Z41423, Z41424, Z41425, Z41426, Z41427, Z41428, Z41429, Z41430. Z41431, Z41432. Z41433. Z41434, Z41435, Z41436, Z41437, Z41438, Z41439, Z41440, Z41441, Z41442, Z41443, Z41444, Z41445, Z41446, Z41447, Z41448, Z41449, Z41450, Z41451, Z41452, Z41453, Z41455, Z41456, Z41457, Z41458, Z41459, Z41460, Z41461, Z41462, Z41463, Z41464. Z41465, Z41466, Z41467, Z41468, Z41469, Z41470, Z41471, Z41472, Z41473, Z41474, Z41475, Z41476, Z41477, Z41478, Z41479, Z41480, Z41481, Z41482, Z41483, Z41484, Z41485, Z41486, Z41487, Z41488, Z41489, Z41490, Z41491, Z41492, Z41493, Z41494, Z41495, Z41496, Z41497, Z41498, Z41499, Z41500, Z41501, Z41502, Z41503, Z41504
• • • • • • S1a1b1d Z41389, Z41454, Z41355
• • • • • • S1a1b1d1 Z41342, Z41343
• • • • • • • S1a1b1d1a M226.1
• • • • • • • S1a1b1d1a~ SK1906, SK1907, SK1909, SK1910, SK1912, Z41344, Z41345, Z41346, Z41347, Z41348
• • • • • • • S1a1b1d1b~ SK1902, SK1903, SK1904, SK1905, Z41349, Z41350, Z41351, Z41352, Z41353
• • • • • • S1a1b1d2~ Z42467
• • • • • • • S1a1b1d2a~ Z41505, Z41506, Z41507, Z41508, Z41509
• • • • • • • S1a1b1d2b~ Z33754, Z33755
• • • S1a2~ P79, P307
• • • S1a3 P315
• • • • S1a3a Z41763, FGC9126, FGC36892, PLE10.2, PR495.2/Y11835.2, YP4064, Z41764, Z41765, Z41767, Z41768, Z41769, Z41770, Z41771, Z41772, Z41773, Z41774, Z41775, Z41776, Z41777, Z41778, Z41779, Z41780, Z41781, Z41782, Z41783, Z41784, Z41785, Z41786, Z41787, Z41788, Z41789, Z41790, Z41791, Z41792, Z41793, Z41794, Z41795, Z41796, Z41797, Z41798, Z41799, Z41800, Z41801, Z41802, Z41803, Z41804, Z41805, Z41806, Z41807, Z41808, Z41809, Z41810, Z41811, Z41812, Z41813, Z41814, Z41815, Z41816, Z41817, Z41818, Z41819, Z41820, Z41821, Z41822, Z41823, Z41824, Z41825, Z41826, Z41827, Z41828, Z41829, Z41830, Z41831, Z41832, Z41833, Z41834, Z41835, Z41836, Z41837, Z41838, Z41839, Z41840, Z41841, Z41842, Z41843, Z41844, Z41845, Z41846, Z41847, Z41848, Z41849, Z41850, Z41851, Z41852. Z41853, Z41854, Z41855, Z41856, Z41857, Z41858, Z41859, Z41860, Z41861, Z41862, Z41863, Z41864, Z41865, Z41866, Z41867, Z41868, Z41869, Z41870, Z41871, Z41872, Z41873, Z41874, Z41875, Z41876, Z41877, Z41878, Z41879, Z41880, Z41881, Z41882, Z41883, Z41884, Z41885, Z41886, Z41887, Z41888, Z41889, Z41890, Z41891, Z41892, Z41893, Z41894, Z41895, Z41896, Z41897, Z41898, Z41899, Z41900, Z41901, Z41902, Z41903, Z41904, Z41905, Z41906, Z41907, Z41908, Z41908, Z41909, Z41910, Z41911, Z41912, Z41913, Z41914, Z41915
• • • • • S1a3a1~ Z41916, Z41917, Z41918, Z41919, Z41920
• • • • • S1a3a2~ Z41921, Z41922, Z41923, Z41924, Z41925
• • • • S1a3b~ P401
• • S1b~ B275, Z33756, Z33757, Z33758, Z33759
• • S1c~ Z41926, Z41927, Z41928, Z41929, Z41930
• • S1d SK1806, FGC5054, FGC22541.2, FGC43097.2, S777, SK1807, SK1809, SK1810, SK1812, SK1813, SK1814, SK1816, SK1821, SK1822, SK1824, Z41931, Z41932, Z41933, Z41934, Z41935, Z41936, Z41937, Z41938, Z41939, Z41940, Z41941, Z41942, Z41943, Z41944, Z41945, Z41946, Z41947, Z41948, Z41949, Z41950, Z41951, Z41952, Z41953, Z41954, Z41955, Z41956, Z41957, Z41958, Z41959, Z41960, Z41961, Z41962, Z41963, Z41964, Z41965, Z41966, Z41967, Z41968, Z41969, Z41970, Z41971, Z41972, Z41973, Z41974, Z41975, Z41976, Z41977, Z41978, Z41979, Z41980, Z41981, Z41982, Z41983, Z41984, Z41985, Z41986, Z41987, Z41988, Z41989, Z41990, Z41991, Z41992, Z41993, Z41994, Z41995, Z41996, Z41997, Z41998, Z41999, Z42000, Z42001, Z42002, Z42003, Z42004, Z42005, Z42006, Z42007, Z42008, Z42009, Z42010, Z42011, Z42012, Z42013, Z42014, Z42015, Z42016, Z42017, Z42018, Z42019, Z42020, Z42021, Z42022, Z42023, Z42024, Z42025, Z42026, Z42027, Z42028, Z42029, Z42030, Z42031, Z42032, Z42033, Z42034, Z42035, Z42036, Z42037, Z42038, Z42039. Z42040, Z42041, Z42042, Z42043, Z42044, Z42045, Z42046, Z42047, Z42048, Z42049, Z42050, Z42051, Z42052, Z42053, Z42054, Z42055, Z42056, Z42057, Z42058, Z42059, Z42060, Z42061, Z42062, Z42063, Z42064, Z42065, Z42066, Z42067, Z42068, Z42069, Z42070, Z42071, Z42072, Z42073, Z42074, Z42075, Z42076,. Z42077, Z42078, Z42079, Z42080, Z42146, Z42147, Z42148, Z42149, Z42150, Z42151, Z42152, Z42153, Z42154, Z42155, Z42156, Z42157, Z42158, Z42159, Z42160, Z42161, Z42162, Z42163, Z42164, Z42165, Z42166, Z42167, Z42168, Z42169, Z42170, Z42171, Z42172, Z42173, Z42174, Z42175, Z42176, Z42177, Z42178, Z42179, Z42180, Z42181, Z42182, Z42183, Z42184, Z42185, Z42186, Z42187, Z42188, Z42189, Z42190, Z42191, Z42192, Z42193, Z42194, Z42195, Z42196, Z42197, Z42198, Z42199, Z42200, Z42201, Z42202, Z42203, Z42204, Z42205, Z42206, Z42207, Z42208, Z42209, Z42210, Z42211, Z42212, Z42213, Z42214, Z42215, Z42216, Z42217, Z42218, Z42219, Z42220, Z42221, Z42222, Z42223, Z42224, Z42225, Z422226, Z42227, Z42228
• • • S1d1~ SK1827
• S2 P378^^, B273, Z33356, Z33357, Z33358, Z33359, Z33360, Z33361, Z33362, Z33363, Z33364, Z33365, Z33366, Z33367, Z33368, Z33369, Z33370, Z33371, Z33372, Z33373, Z33374, Z33375, Z33376, Z33377, Z33378, Z33379, Z33380, Z33381, Z33382, Z33383, Z33384, Z33385, Z33386, Z33388, Z33389, Z33390, Z33391, Z33392, Z33393, Z33394, Z33395, Z33396, Z33397, Z33398, Z33399, Z33400, Z33401, Z33402, Z33403, Z33404, Z33405, Z33406, Z33407, Z33408, Z33409, Z33410, Z33411, Z33412, Z33413, Z33414, Z33415, Z33416, Z33417, Z33418, Z33419, Z33420, Z33421, Z33422, Z33423, Z33424, Z33425, Z33426, Z33427, Z33428, Z33429, Z33430, Z33431, Z33432, Z33433, Z33434, Z33435, Z33436, Z33437, Z33438, Z33439, Z33440, Z33442, Z33444, Z33446, Z33447, Z33448, Z33453, Z33457, Z33458, Z33460, Z33461, Z33462, Z33463, Z33464, Z33465, Z33466, Z33467, Z33468, Z33469, Z33470, Z33473, Z33475, Z33477, Z33478, Z33479, Z33480, Z33481, Z33482, Z33483, Z33484, Z33485, Z33486, Z33487, Z33488, Z33489, Z33490, Z33491, Z33492, Z33493, Z33494, Z33495, Z33496, Z33497, Z33498, Z33499, Z33500, Z33501, Z33502, Z33503, Z33504, Z33505, Z33506, Z33507, Z33508, Z33509, Z33510, Z33511, Z33512, Z33513, Z33514, Z33515, Z33516, Z33518, Z33519, Z33520, Z33521, Z33523, Z33524, Z33525, Z33526, Z33527, Z33528, Z33529, Z33531, Z33532, Z33533, Z33534, Z33535, Z33536, Z33537, Z33538, Z33539, Z33540, Z33541, Z33542, Z33543, Z33544, Z33545, Z33546, Z33547, Z33548, Z33549, Z33550, Z33551, Z33552, Z33553, Z33554, Z33555, Z33556, Z33557, Z33558, Z33559, Z33560, Z33561, Z33562, Z33564, Z33565, Z33566, Z33567, Z33568, Z33569, Z33570, Z33571, Z33572, Z33573, Z33574, Z33575, Z33576, Z33577, Z33578, Z33579, Z33580, Z33581, Z33583, Z33584, Z33585, Z33586, Z33587, Z33588, Z33589, Z33590, Z33591, Z33592, Z33593, Z33594, Z33597, Z33598, Z33599, Z33601, Z33602, Z33603, Z33604, Z33605, Z33606, Z33607, Z33608, Z33609, Z33610, Z33611, Z33612, Z33613, Z33614, Z33615, Z33616, Z33617, Z33618, Z33619, Z33620, Z33621, Z33622, Z33624, Z33626, Z33627, Z33628, Z33629, Z33630, Z33631, Z33632, Z33633, Z33634, Z33636, Z33637, Z33638, Z33639, Z33640, Z33641, Z33642, Z33643, Z33644, Z33645, Z33646, Z33648, Z33649, Z33650, Z33651, Z33652, Z33653, Z33654, Z33655, Z33656, Z33658, Z33659, Z33660, Z33662, Z33663, Z33664, Z33665, Z33666, Z33667, Z33668, Z33669, Z33670, Z33671, Z33672, Z33673, Z33674, Z33675, Z33676, Z33677, Z33678, Z33679, Z33680, Z33681, Z33682, Z33683, Z33684, Z33685, Z33686, Z33687, Z33688, Z33689, Z33690, Z33691, Z33692, Z33693, Z33694, Z33696, Z33697, Z33698, Z33700, Z33701, Z33702, Z33703, Z33704, Z33705, Z33706, Z33707, Z33708, Z33709, Z33710, Z33711, Z33712, Z33713, Z33714, Z33715, Z33716, Z33717, Z33719, Z33721, Z33722, Z33723, Z33724, Z33725, Z33726, Z33727, Z33728, Z33729, Z33737, Z33739
• • S2a~ B276, Z33744, Z33746, Z33747
• • S2b~ Z33748, Z33750, Z33751, Z41332, Z41333
• S3~ P336
Y-DNA haplogroup S is a major haplogroup in the highlands of mainland Papua New Guinea where it is found at frequencies of around 50% in some populations and is also present at lower frequencies in adjacent islands of Indonesia and Melanesia and even in the Philippines.
Distribution of ancestry of men in Haplogroup S
S1a1 Z42413 Indonesia (Lebbos)
S1a1a1 P60 Australia (Aborigines)
S1a1b1d1a M226.1 Papua New Guinea, Admiralty Islands
S1a2 P79 Melanesia, Papua New Guinea including Admiralty Islands
S1a3 P315 Australia (Aborigines)
S1a3b P401 Vanuatu
S1b B275 Philippines (Bajos)
S2 B273 Philippines (Aeta)
S3 P336 Indonesia
Cox M P & Lahr M M,
Diversity Is Inversely Associated with Language Affiliation in Paired
Austronesian- and Papuan-Speaking Communities from Solomon Islands.
American Journal of Human Biology, 18:35-50, 2006.
Karafet et al, New Binary Polymorphisms Reshape and Increase Resolution of the Human Y-Chromosomal Haplogroup Tree. Abstract. Genome Research, published online April 2, 2008. Supplementary Material.
Karmin et al, A Recent Bottleneck of Y chromosome Diversity Coincides with a Global Change in Culture. Genome Research, doi: 10.1101/gr.186684.114, published online March 13, 2015.
Kayser et al, Independent Histories of Human Y Chromosomes from Melanesia and Australia. American Journal of Human Genetics, 68:173-190, 2001.
Kayser et al, Melanesian and Asian Origins of Polynesians: mtDNA and Y-Chromosome Gradients across the Pacific. MBE Advance Access published August 21, 2006.
Kayser et al. Reduced Y-Chromosome, but Not Mitochondrial DNA, Diversity in Human Populations from West New Guinea. American Journal of Human Genetics, 72:281-302, 2003.
Mona et al, Patterns of Y-chromosome Diversity Intersect with the Trans-New Guinea Hypothesis. Mol Biol Evol. 2007 Sep 10; [Epub ahead of print]
Scheinfeldt et al, Unexpected NRY Chromosome Variation in Northern Island Melanesia. Society for Molecular Biology, 2006.
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