Y-DNA Haplogroup S and its Subclades - 2017

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Version History     Last revision date for this specific page: 2 July 2017

Because of continuing research, the structure of the Y-DNA Haplogroup Tree changes and ISOGG does its best to keep the tree updated with the latest developments in the field. The viewer may observe other versions of the tree on the Web. Email Ray Banks if the differences need clarification or if you find any broken links on this page.

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FONT COLORS:  Newly confirmed in 2017 within subclade  Confirmed within subclade  Investigational items  

^ Indicates a next-generation sequencing entry which does not yet meet quality guidelines for minimum number of reads.
^^ Indicates an entry which does not meet quality guidelines but may be helpful.
~ Indicates only an approximate location on the tree.

The criteria for a representative SNP printed in bold for a subclade is: traditional usage, testing one in multiple labs, and/or being found in the area of the chromosome used in recent research studies.

SNPs listed below in italics (colored black or red) are quality variants from next-generation sequencing reports consistently showing as representing that subgroup.

Contact Person for Haplogroup S: Gareth Henson

S or K2b1a  B254, Z33355
S1 B255
  S1a  Z41335, Z41336, Z41337, Z41338, Z41339, Z41340, Z41341
  S1a~  P405
   S1a1  Z42413, Z42414, Z42415, Z42416, Z42417, Z42418. Z42419, Z42420
    S1a1a Z41513, AM00651.2/Z33118.2, FGC17153.2/V3938.2/Z18210.2, FGC38729, M10072, Z41514, Z41515, Z41516, Z41517, Z41518, Z41519, Z41520, Z41521, Z41522, Z41523, Z41524, Z41525, Z41526, Z41527, Z41528. Z41529, Z41530, Z41531, Z41532, Z41533, Z41534, Z41535, Z41536, Z41537, Z41538, Z41539, Z41540, Z41541, Z41542, Z41543, Z41544, Z41545, Z41546, Z41547, Z41548, Z41549, Z41550, Z41551, Z41552, Z41553, Z41554, Z41555, Z41556, Z41557, Z41558, Z41559, Z41560, Z41561, Z41562, Z41563, Z41564, Z41565, Z41566, Z41567, Z41568, Z41569, Z41570, Z41571, Z41572, Z41573, Z41574, Z41575, Z41576, Z41577, Z41578, Z41579, Z41580, Z41581, Z41582, Z41583, Z41584, Z41585, Z41586, Z41587, Z41588, Z41589, Z41590, Z41591, Z41592, Z41593, Z41594, Z41595, Z41596, Z41597, Z41598, Z41599, Z41600, Z41601, Z41602, Z41603, Z41604, Z41605, Z41606, Z41607, Z41608, Z41609, Z41610, Z41611, Z41512, Z41613, Z41614, Z41615, Z41616, Z41617, Z41618, Z41619, Z41620, Z41621. Z41622, Z41623, Z41624, Z41625, Z41626
   S1a1a1 P308, Z41663Z41664, Z41665, Z41666, Z41667, Z41668, Z41669, Z41670. Z41671, Z41672, Z41673, Z41674, Z41675, Z41676, Z41677, Z41678, Z41679, Z41680, Z41681, Z41682, Z41683, Z41684, Z41685, Z41686, Z41687, Z41688, Z41689, Z41690, Z41691, Z41692, Z41693, Z41694, Z41695, Z41696, Z41697, Z41698, Z41699, Z41700, Z41701. Z41702, Z41703, Z41704. Z41705, Z41706, Z41707, Z41708, Z41709, Z41710, Z41711, Z41712, Z41713, Z41714, Z41715, Z41716, Z41717, Z41718, Z41719, Z41720, Z41721, Z41722, Z41723, Z41724, Z41725, Z41726, Z41727, Z41728, Z41729, Z41730, Z41731, Z41732, Z41733, Z41734, Z41735, Z41736, Z41737, Z41738, Z41739, Z41740, Z41741, Z41742, Z41743, Z41744, Z41745, Z41746, Z41747
    S1a1a1~  P60
     S1a1a1a~ Z41753, Z41754, Z41755, Z41756, Z41757
     S1a1a1b~ Z41758, Z41759, Z41760, Z41761, Z41762
    S1a1a2~ Z42470
    S1a1b M230, P202
   S1a1b1 M254
     S1a1b1a P57
     S1a1b1b P61
     S1a1b1c P83
     S1a1b1d SK1891, BY3295, SK1892, SK1893, SK1894, SK1895, SK1896, SK1898, SK1899, SK1901, Z33752, Z33753, Z41356, Z41357, Z41358, Z41359, Z41360, Z41361, Z41362, Z41363, Z41364, Z41365, Z41366, Z41367, Z41368, Z41369, Z41370, Z41371, Z41372, Z41373, Z41374, Z41375, Z41376, Z41377, Z41378. Z41379, Z41380, Z41381, Z41382, Z41383, Z41384, Z41385, Z41386, Z41387, Z41388, Z41390, Z41391, Z41392, Z41393, Z41394, Z41395, Z41396, Z41397, Z41398, Z41399, Z41400, Z41401, Z41402, Z41403, Z41404, Z41410, Z41411, Z41412, Z41413, Z41414, Z41415, Z41416, Z41417, Z41418, Z41419, Z41420, Z41421, Z41422, Z41423, Z41424, Z41425, Z41426, Z41427, Z41428, Z41429, Z41430. Z41431, Z41432. Z41433. Z41434, Z41435, Z41436, Z41437, Z41438, Z41439, Z41440, Z41441, Z41442, Z41443, Z41444, Z41445, Z41446, Z41447, Z41448, Z41449, Z41450, Z41451, Z41452, Z41453, Z41455, Z41456, Z41457, Z41458, Z41459, Z41460, Z41461, Z41462, Z41463, Z41464. Z41465, Z41466, Z41467, Z41468, Z41469, Z41470, Z41471, Z41472, Z41473, Z41474, Z41475, Z41476, Z41477, Z41478, Z41479, Z41480, Z41481, Z41482, Z41483, Z41484, Z41485, Z41486, Z41487, Z41488, Z41489, Z41490, Z41491, Z41492, Z41493, Z41494, Z41495, Z41496, Z41497, Z41498, Z41499, Z41500, Z41501, Z41502, Z41503, Z41504
     S1a1b1d Z41389, Z41454, Z41355
     S1a1b1d1   Z41342, Z41343
      S1a1b1d1a  M226.1
      S1a1b1d1a~ SK1906, SK1907, SK1909, SK1910, SK1912, Z41344, Z41345, Z41346, Z41347, Z41348
      S1a1b1d1b~ SK1902, SK1903, SK1904, SK1905, Z41349, Z41350, Z41351, Z41352, Z41353
     S1a1b1d2~ Z42467
      S1a1b1d2a~ Z41505, Z41506, Z41507, Z41508, Z41509
      S1a1b1d2b~ Z33754, Z33755
   S1a2~  P79, P307  
   S1a3   P315/Z41769
    S1a3a  Z41763, FGC9126, FGC36892, PLE10.2, PR495.2/Y11835.2, YP4064, Z41764, Z41765, Z41767, Z41768, Z41770, Z41771, Z41772, Z41773, Z41774, Z41775, Z41776, Z41777, Z41778, Z41779, Z41780, Z41781, Z41782, Z41783, Z41784, Z41785, Z41786, Z41787, Z41788, Z41789, Z41790, Z41791, Z41792, Z41793, Z41794, Z41795, Z41796, Z41797, Z41798, Z41799, Z41800, Z41801, Z41802, Z41803, Z41804, Z41805, Z41806, Z41807, Z41808, Z41809, Z41810, Z41811, Z41812, Z41813, Z41814, Z41815, Z41816, Z41817, Z41818, Z41819, Z41820, Z41821, Z41822, Z41823, Z41824, Z41825, Z41826, Z41827, Z41828, Z41829, Z41830, Z41831, Z41832, Z41833, Z41834, Z41835, Z41836, Z41837, Z41838, Z41839, Z41840, Z41841, Z41842, Z41843, Z41844, Z41845, Z41846, Z41847, Z41848, Z41849, Z41850, Z41851, Z41852. Z41853, Z41854, Z41855, Z41856, Z41857, Z41858, Z41859, Z41860, Z41861, Z41862, Z41863, Z41864, Z41865, Z41866, Z41867, Z41868, Z41869, Z41870, Z41871, Z41872, Z41873, Z41874, Z41875, Z41876, Z41877, Z41878, Z41879, Z41880, Z41881, Z41882, Z41883, Z41884, Z41885, Z41886, Z41887, Z41888, Z41889, Z41890, Z41891, Z41892, Z41893, Z41894, Z41895, Z41896, Z41897, Z41898, Z41899, Z41900, Z41901, Z41902, Z41903, Z41904, Z41905, Z41906, Z41907, Z41908, Z41909, Z41910, Z41911, Z41912, Z41913, Z41914, Z41915  
    S1a3a1~ Z41916, Z41917, Z41918, Z41919, Z41920
    S1a3a2~ Z41921, Z41922, Z41923, Z41924, Z41925
    S1a3b~  P401
  S1b~ B275, Z33756, Z33757, Z33758, Z33759
  S1c~ Z41926, Z41927, Z41928, Z41929, Z41930
  S1d  SK1806, FGC5054, FGC22541.2, FGC43097.2, S777, SK1807, SK1809, SK1810, SK1812, SK1813, SK1814, SK1816, SK1821, SK1822, SK1824,  Z41931, Z41932, Z41933, Z41934, Z41935, Z41936, Z41937, Z41938, Z41939, Z41940, Z41941, Z41942, Z41943, Z41944, Z41945, Z41946, Z41947, Z41948, Z41949, Z41950, Z41951, Z41952, Z41953, Z41954, Z41955, Z41956, Z41957, Z41958, Z41959, Z41960, Z41961, Z41962, Z41963, Z41964, Z41965, Z41966, Z41967, Z41968, Z41969, Z41970, Z41971, Z41972, Z41973, Z41974, Z41975, Z41976, Z41977, Z41978, Z41979, Z41980, Z41981, Z41982, Z41983, Z41984, Z41985, Z41986, Z41987, Z41988, Z41989, Z41990, Z41991, Z41992, Z41993, Z41994, Z41995, Z41996, Z41997, Z41998, Z41999, Z42000, Z42001, Z42002, Z42003, Z42004, Z42005, Z42006, Z42007, Z42008, Z42009, Z42010, Z42011, Z42012, Z42013, Z42014, Z42015, Z42016, Z42017, Z42018, Z42019, Z42020, Z42021, Z42022, Z42023, Z42024, Z42025, Z42026, Z42027, Z42028, Z42029, Z42030, Z42031, Z42032, Z42033, Z42034, Z42035, Z42036, Z42037, Z42038, Z42039. Z42040, Z42041, Z42042, Z42043, Z42044, Z42045, Z42046, Z42047, Z42048, Z42049, Z42050, Z42051, Z42052, Z42053, Z42054, Z42055, Z42056, Z42057, Z42058, Z42059, Z42060, Z42061, Z42062, Z42063, Z42064, Z42065, Z42066, Z42067, Z42068, Z42069, Z42070, Z42071, Z42072, Z42073, Z42074, Z42075, Z42076,. Z42077, Z42078, Z42079, Z42080, Z42146, Z42147, Z42148, Z42149, Z42150, Z42151, Z42152, Z42153, Z42154, Z42155, Z42156, Z42157, Z42158, Z42159, Z42160, Z42161, Z42162, Z42163, Z42164, Z42165, Z42166, Z42167, Z42168, Z42169, Z42170, Z42171, Z42172, Z42173, Z42174, Z42175, Z42176, Z42177, Z42178, Z42179, Z42180, Z42181, Z42182, Z42183, Z42184, Z42185, Z42186, Z42187, Z42188, Z42189, Z42190, Z42191, Z42192, Z42193, Z42194, Z42195, Z42196, Z42197, Z42198, Z42199, Z42200, Z42201, Z42202, Z42203, Z42204, Z42205, Z42206, Z42207, Z42208, Z42209, Z42210, Z42211, Z42212, Z42213, Z42214, Z42215, Z42216, Z42217, Z42218, Z42219, Z42220, Z42221, Z42222, Z42223, Z42224, Z42225, Z42226, Z42227, Z42228
   S1d1~ SK1827
S2  P378^^, B273, Z33356, Z33357, Z33358, Z33359, Z33360, Z33361, Z33362, Z33363, Z33364, Z33365, Z33366, Z33367, Z33368, Z33369, Z33370, Z33371, Z33372, Z33373, Z33374, Z33375, Z33376, Z33377, Z33378, Z33379, Z33380, Z33381, Z33382, Z33383, Z33384, Z33385, Z33386, Z33388, Z33389, Z33390, Z33391, Z33392, Z33393, Z33394, Z33395, Z33396, Z33397, Z33398, Z33399, Z33400, Z33401, Z33402, Z33403, Z33404, Z33405, Z33406, Z33407, Z33408, Z33409, Z33410, Z33411, Z33412, Z33413, Z33414, Z33415, Z33416, Z33417, Z33418, Z33419, Z33420, Z33421, Z33422, Z33423, Z33424, Z33425, Z33426, Z33427, Z33428, Z33429, Z33430, Z33431, Z33432, Z33433, Z33434, Z33435, Z33436, Z33437, Z33438, Z33439, Z33440, Z33442, Z33444, Z33446, Z33447, Z33448, Z33453, Z33457, Z33458, Z33460, Z33461, Z33462, Z33463, Z33464, Z33465, Z33466, Z33467, Z33468, Z33469, Z33470, Z33473, Z33475, Z33477, Z33478, Z33479, Z33480, Z33481, Z33482, Z33483, Z33484, Z33485, Z33486, Z33487, Z33488, Z33489, Z33490, Z33491, Z33492, Z33493, Z33494, Z33495, Z33496, Z33497, Z33498, Z33499, Z33500, Z33501, Z33502, Z33503, Z33504, Z33505, Z33506, Z33507, Z33508, Z33509, Z33510, Z33511, Z33512, Z33513, Z33514, Z33515, Z33516, Z33518, Z33519, Z33520, Z33521, Z33523, Z33524, Z33525, Z33526, Z33527, Z33528, Z33529, Z33531, Z33532, Z33533, Z33534, Z33535, Z33536, Z33537, Z33538, Z33539, Z33540, Z33541, Z33542, Z33543, Z33544, Z33545, Z33546, Z33547, Z33548, Z33549, Z33550, Z33551, Z33552, Z33553, Z33554, Z33555, Z33556, Z33557, Z33558, Z33559, Z33560, Z33561, Z33562, Z33564, Z33565, Z33566, Z33567, Z33568, Z33569, Z33570, Z33571, Z33572, Z33573, Z33574, Z33575, Z33576, Z33577, Z33578, Z33579, Z33580, Z33581, Z33583, Z33584, Z33585, Z33586, Z33587, Z33588, Z33589, Z33590, Z33591, Z33592, Z33593, Z33594, Z33597, Z33598, Z33599, Z33601, Z33602, Z33603, Z33604, Z33605, Z33606, Z33607, Z33608, Z33609, Z33610, Z33611, Z33612, Z33613, Z33614, Z33615, Z33616, Z33617, Z33618, Z33619, Z33620, Z33621, Z33622, Z33624, Z33626, Z33627, Z33628, Z33629, Z33630, Z33631, Z33632, Z33633, Z33634, Z33636, Z33637, Z33638, Z33639, Z33640, Z33641, Z33642, Z33643, Z33644, Z33645, Z33646, Z33648, Z33649, Z33650, Z33651, Z33652, Z33653, Z33654, Z33655, Z33656, Z33658, Z33659, Z33660, Z33662, Z33663, Z33664, Z33665, Z33666, Z33667, Z33668, Z33669, Z33670, Z33671, Z33672, Z33673, Z33674, Z33675, Z33676, Z33677, Z33678, Z33679, Z33680, Z33681, Z33682, Z33683, Z33684, Z33685, Z33686, Z33687, Z33688, Z33689, Z33690, Z33691, Z33692, Z33693, Z33694, Z33696, Z33697, Z33698, Z33700, Z33701, Z33702, Z33703, Z33704, Z33705, Z33706, Z33707, Z33708, Z33709, Z33710, Z33711, Z33712, Z33713, Z33714, Z33715, Z33716, Z33717, Z33719, Z33721, Z33722, Z33723, Z33724, Z33725, Z33726, Z33727, Z33728, Z33729, Z33737, Z33739
S2a~  B276, Z33744, Z33746, Z33747
S2b~  Z33748, Z33750, Z33751, Z41332, Z41333
S3~  P336
S4~  Z44870, Z44871, Z44872, Z44873, Z44874


Y-DNA haplogroup S is a major haplogroup in the highlands of mainland Papua New Guinea where it is found at frequencies of around 50% in some populations and is also present at lower frequencies in adjacent islands of Indonesia and Melanesia and even in the Philippines.

Geographical Distribution of ancestry of men in Haplogroup S (not complete):

S1a1           Z42413   Indonesia (Lebbos)
S1a1a1       P60         Australia (Aborigines)
S1a1b1d1a M226.1   Papua New Guinea, Admiralty Islands 
S1a2           P79         Melanesia, Papua New Guinea including Admiralty Islands
S1a3           P315       Australia (Aborigines) 
S1a3b         P401       Vanuatu
S1b             B275       Philippines (Bajos) 
S2               B273       Philippines (Aeta) 
S3               P336       Indonesia  
S4               Z44870   Malaysia


Cox M P & Lahr M M, Y-Chromosome Diversity Is Inversely Associated with Language Affiliation in Paired Austronesian- and Papuan-Speaking Communities from Solomon Islands. (pdf) American Journal of Human Biology, 18:35-50, 2006.
Karafet et al, New Binary Polymorphisms Reshape and Increase Resolution of the Human Y-Chromosomal Haplogroup Tree. Abstract. Genome Research, published online April 2, 2008. Supplementary Material.
et al, A Recent Bottleneck of Y chromosome Diversity Coincides with a Global Change in Culture. Genome Research, doi: 10.1101/gr.186684.114, published online March 13, 2015.
Kayser et al, Independent Histories of Human Y Chromosomes from Melanesia and Australia. American Journal of Human Genetics, 68:173-190, 2001.
Kayser et al, Melanesian and Asian Origins of Polynesians: mtDNA and Y-Chromosome Gradients across the Pacific. MBE Advance Access published August 21, 2006.
Kayser et al. Reduced Y-Chromosome, but Not Mitochondrial DNA, Diversity in Human Populations from West New Guinea. American Journal of Human Genetics, 72:281-302, 2003.
Mona et al, Patterns of Y-chromosome Diversity Intersect with the Trans-New Guinea Hypothesis. Mol Biol Evol. 2007 Sep 10; [Epub ahead of print]
Scheinfeldt et al, Unexpected NRY Chromosome Variation in Northern Island Melanesia. Society for Molecular Biology, 2006.

Additional Resources:
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